Անին զարգացել է Գագիկ Ա թագավորի օրոք (989–1020 թթ.): Քաղաքն առևտրական կապերի մեջ է եղել Բյուզանդիայի, Պարսկաստանի, Չինաստանի, արաբական երկրների, Հարավային Ռուսաստանի, Միջին Ասիայի հետ: Գագիկ Ա-ի մահից հետո նրա որդիների՝ Հովհաննես-Սմբատի և Աշոտ Դ-ի միջև սկսված գահակալական պայքարի ու ներքին երկպառակությունների հետևանքով Բագրատունիների թագավորությունը թուլացել է: Երկյուղելով բյուզանդական բանակի ներխուժումից՝ թուլակամ և անժառանգ Հովհաննես-Սմբատը 1023 թ-ին Անին մերձակայքով կտակել է Բյուզանդիային:
Աշոտ Դ-ի (1040 թ.) և Հովհաննես-Սմբատի (1041 թ.) մահից հետո, երբ Պետրոս Ա Գետադարձ կաթողիկոսն ու Վեստ Սարգիս իշխանը բյուզանդական արքունիքի հարկադրանքով փորձել են հանձնել Անին, հանդիպել են հայրենասեր ուժերի հուժկու դիմադրությանը: Սպարապետ Վահրամ Պահլավունու ջանքերով 1043 թ-ին Հայոց թագավոր է հռչակվել Աշոտ Դ-ի որդին՝ Գագիկ Բ-ն: 1043–44 թթ-ին բյուզանդական զորքերը քանիցս պաշարել են Անին, սակայն հայկական զորքերի և աշխարհազորի դիմադրության շնորհիվ Անին մնացել է անառիկ: Գագիկ Բ-ի ձերբակալումից և Վահրամ Պավլավունու զոհվելուց հետո բյուզանդացիները 1045 թ-ին նվաճել են քաղաքը: 1064 թ-ին Անին գրավել են սելջուկյան թուրքերը: 1072–1199 թթ-ին Շադդադյան ամիրայության տիրապետության (ընդմիջումներով) օրոք քաղաքը կորցրել է արհեստների ու առևտրի կենտրոնի նշանակությունը:
1119 թ-ին Անին ազատագրել են Զաքարյանները և դարձրել իրենց իշխանապետության կենտրոնը: Պատմիչներն այդ ժամանակաշրջանի Անին հիշատակում են «մեծ», «տիեզերական», «քաղաքամայր» և այլ անուններով: Քաղաքը կառավարել է ավագների խորհուրդը՝ քաղաքապետի գլխավորությամբ: Անին արհեստագործության խոշոր կենտրոն էր, որտեղ աննախադեպ զարգացման են հասել մետաղագործությունը, զինագործությունը, ոսկերչությունը, պղնձագործությունը, մանածագործությունը, որմնադրությունը, քարգործությունը և այլ արհեստներ:
1236 թ-ին մոնղոլները գրավեցին Անին: Անեցիների 1249 և 1260 թթ-ի ապստամբությունները դաժանորեն ճնշվել են: XIII–XIV դարերում` մոնղոլների, հետագայում թուրքական ցեղերի ճնշման և ծանր հարկերի հետևանքով անեցիներն ստիպված էին մեծ խմբերով գաղթել Վրաստան, Հարավային Ռուսաստան (Աստրախան, Ղրիմի քաղաքներ), ավելի ուշ՝ Ղրիմից Կոստանդնուպոլիս, Գալիցիա ու Լեհաստան, Դոն գետի ափին հիմնել են Նոր Նախիջևան քաղաքը (այժմ՝ Դոնի Ռոստով քաղաքի շրջագծում): XIV դարի 60-ական թվականներին Անին ավերել են մոնղոլ-թաթարական ցեղերը, XVI–XVIII դարերում ամբողջովին ամայացել է: 1878 թ-ին Անին անցել է Ռուսաստանին, 1920 թ-ին՝ հանձնվել Թուրքիային:
Տարբերակում են Անիի քաղաքաշինության պատմության Կամսարականների (IV–VII դարեր), Բագրատունիների (X–XI դարեր), Շադդադյանների (1072–1199 թթ.՝ ընդհատումներով) և Զաքարյանների (XIII դարի 1-ին կես) շրջաններ: Կամսարականների շրջանից պահպանվել են V դարի ամրոցի որձաքարերով կառուցված պարսպի մնացորդները, VII դարի թաղածածկ «պալատական» եկեղեցին և կրկնահարկ մատուռ-տապանատունը: Աշոտ Գ Ողորմածի կառուցած Աշոտաշեն պարիսպներն ամփոփել են ներքնաբերդը և քաղաքը: Սմբատ Բ-ն 989 թ-ին կառուցել է քաղաքի Սմբատաշեն պարիսպները, որոնք տեղ-տեղ զարդարված են բարձրաքանդակներով, խաչքարերով ու արձանագրություններով:
Անիի մատույցներում եղել են պաշտպանական ամրոցներ (Տիգնիս, Մաղասաբերդ), կառուցվել մեծաթռիչք քարե կամուրջներ, որոնք բացառիկ էին միջնադարում: Միջնաբերդի բարձրադիր մասում տեղադրված էր արքունի պալատը, որի դահլիճներից պահպանվել է երկար միջանցքը (50 մ): X դարի վերջին Կամսարականների ամրոցը համալրվել է պալատական շենքերով, դարձել նորակառույց Անիի միջնաբերդը:

Անին եղել է քաղաքային ճարտարապետության զարգացման նշանավոր կենտրոն: Անիի ճարտարապետության դպրոցը, ձևավորվելով X դարում, որոշակի հետք է թողել նաև եվրոպական և այլ երկրների ճարտարապետության վրա: X դարի վերջին – XI դարի սկզբին ճարտարապետ Տրդատը կառուցել է Մայր տաճարը և Գագկաշենը, որտեղ նրա մշակած սկզբունքները պահպանվել և կիրառվել են նաև XII–XIV դարերում: Անիում կառուցվել են նաև Պարոնի, Սարգսի պալատները, Բախտաղեկի, Տիգրան Հոնենցի, Աղջկաբերդի Փրկչի, Հովվի, Սբ Առաքելոց, Աբուղամրենց Սբ Գրիգոր և այլ եկեղեցիներ:
IX–XIII դարերում Անին նաև գիտության կենտրոն էր՝ բազմաթիվ դպրոցներով, գրչատներով: Անիի հռչակավոր բարձրագույն դպրոցում (XI–XIII դարեր) տարբեր ժամանակներում դասավանդել են Գրիգոր Մագիստրոս Պահլավունին, Հովհաննես Սարկավագը, Մխիթար Անեցին և ուրիշներ: Անիի մանրանկարչության դպրոցը գործել է մշակութային աշխույժ միջավայրում. այստեղ գրվել և ընդօրինակվել են ձեռագիր մատյաններ: Մանրանկարչությունն Անիում վերելք է ապրել XIII դարի 1-ին տասնամյակներին: Մեզ են հասել Հովհաննեսի 3 ձեռագրերը, Մարգարեի նկարազարդած «Հաղպատի Ավետարանը» (1211 թ.), գրիչ և մանրանկարիչ Իգնատիոս Հոռոմոսցու «Բագնայրի Ավետարանը» (1232 թ.) և այլն:
Անիի մանրանկարչության դպրոցի նշանավոր ձեռագրերից է Աբաս նկարչի հայտնի մատյանը, որի խորանների հեղինակը Իգնատիոսն է: 1298 թ-ին ձեռագիր է ընդօրինակել և ծաղկել Եղբայրիկը, տերունական և ավետարանիչների պատկերները նկարել է Խաչատուրը: Անիից մեզ հասած վերջին ձեռագիրը XV դարի սկզբին գրել է քաղաքի եպիսկոպոս Հովհաննես Ոսկեփորիկը: Անիի հաճախակի ավերումների և անեցիների արտագաղթի հետևանքով բազմաթիվ ձեռագրեր կորել են, սակայն պահպանված փոքրաթիվ մատյաններն անգամ վկայում են բարձր զարգացման հասած մանրանկարչության դպրոցի և մշակույթի մասին: